FOCO organizó en el año 2001 el primer Seminario Nacional sobre el ALCA y los Actores Sociales, en el que participaron organizaciones empresariales, sindicales, estudiantiles, de derechos humanos, de mujeres, de grupos indígenas, académicas, vecinales, y otras que debatieron ampliamente los contenidos de este acuerdo y su impacto para Argentina y para los distintos sectores. También se realizaron cuatro eventos regionales en calidad de seminarios taller con la participación de organizaciones sociales de las provincias de Jujuy, Salta, Tucumán, Santiago del Estero, Chaco, Corrientes, La Pampa, Santa Fe, Córdoba, Mendoza, San Juan, San Luis y la Rioja, Río Negro, Santa Cruz, Neuquén y Tierra del Fuego.

A mediados del 2002 el Programa incorporó el seguimiento de las negociaciones del acuerdo Unión Europea-MERCOSUR realizando diferentes estudios de diagnóstico sobre las características de este acuerdo y sus posibles implicancias sobre la sociedad y la economía del país. Este trabajo, editado como libro con el título: “Posibles Impactos de un Acuerdo de Libre Comercio entre la UNION EUROPEA y AMÉRICA LATINA” fue elaborado con apoyo de la Fundación Heindrich Böll de Alemania y fue presentado por el Director de FOCO en un seminario organizado por la FDCL de Berlín en esa ciudad durante el 2004.
En esa misma línea de trabajo, FOCO elaboró el informe sobre la cooperación de la Unión Europea en Argentina realizado como parte del proyecto “La sociedad Civil del MERCOSUR y Chile ante la asociación con la Unión Europea”, coordinado por ALOP de Ginebra. Este trabajo está editado como libro por ALOP y CLAEH de Uruguay.

Asimismo, en octubre de 2003, FOCO organizó con la cooperación del INTAL un seminario internacional sobre la participación de las organizaciones de la sociedad civil en el proceso de integración. En el evento – que fuera inaugurado por el Dr. Jorge Taiana - participaron representantes de importantes organizaciones sociales de la región con el objetivo de intercambiar experiencias y acordar estrategias conjuntas para mejorar y fortalecer la participación ciudadana en los procesos integracionistas.

Específicamente en el proceso de integración en MERCOSUR el Programa participa activamente, junto con las organizaciones populares, en apoyar el proceso de integración regional, alentando el objetivo de avanzar hacia una integración profunda que fortalezca la capacidad de nuestros países para participar favorablemente en el proceso de globalización.

A partir de este enfoque el Programa propone la incorporación de las dimensiones política, social, ambiental, de género y desarrollo como aspectos sustantivos de un proceso que tenga como objetivo la construcción de la ciudadanía regional, en el marco de una sociedad sudamericana democrática, equitativa y ambientalmente sustentable.

Con esos propósitos el Programa ha desarrollado estrechas vinculaciones de colaboración con el Centro de Estudios para el Desarrollo Laboral y Agrario, CEDLA de Bolivia, el Programa Laboral de Desarrollo, PLADES de Perú, la REBRIP de Brasil, la AFL-CIO de USA, GAP de ese mismo país y las diversas organizaciones que integran la Alianza Social Continental.

FOCO también participa en la alianza birregional “Enlazando Alternativas”, que reúne a movimientos sociales y organizaciones no gubernamentales de América Latina, el Caribe y Europa, que se oponen y resisten a las políticas neoliberales de libre comercio promovidas por algunos sectores de ambas regiones.

En esta dirección ha participado de la Cumbre Alternativa celebrada en México en el 2004, convocada con motivo de la III Cumbre de Jefes de Estado y de Gobierno de la Unión Europea, América Latina y el Caribe y en la que se llevó a cabo en mayo de 2006 en la ciudad de Viena, también con motivo de de la Cumbre de Jefes de Estado y de Gobierno de América Latina, el Caribe y la Unión Europea.